BARD(E)

La résistance aux antibiotiques est une menace majeure pour la santé publique, et les cliniciens sont confrontés à l’urgence vitale de sélectionner le plus rapidement possible des antibiotiques efficaces pour les patients atteints d'infections bactériennes graves. Cependant, les approches diagnostiques traditionnelles sont lentes car elles impliquent la mise en culture des bactéries. Une nouvelle génération de séquenceurs offre la possibilité d'obtenir des diagnostics en quelques heures grâce à l'analyse directe de l'ADN contenu dans les prélèvements effectués sur les  patients. L'objectif de cet AEx est d'explorer, dans ce contexte, les défis informatiques du diagnostic de la résistance, en partant de l’approche d'identification ultra-rapide des plus proches voisins récemment développée. Les challenges incluent l'intégration de données génomiques et cliniques de référence volumineuses et hétérogènes, le déploiement d'index génomiques passent à l’échelle, ainsi qu'à la déconvolution des signaux d'espèces bactériennes en mélange dans des prélèvements cliniques réels.