Marie-France Sagot : une chercheuse en symbiose avec son sujet

Marie-France Sagot est une passionnée au parcours universitaire atypique. Au laboratoire de Biométrie et biologie évolutive (LBBE) de l’Université de Lyon 1, elle est responsable de l’équipe Inria BAMBOO.

C’est une équipe multidisciplinaire qui compte aussi bien des mathématiciens et des informaticiens que des biologistes théoriciens et expérimentalistes.

Une diversité revendiquée qui constitue le fil conducteur de la carrière de cette bio-informaticienne franco-brésilienne. Venue en France pour faire son DEA à Paris VII, elle effectue ensuite sa thèse à l’institut Gaspard Monge. Une thèse débutée très tard, à l'âge de 38 ans, grâce à l’aide d’autres passionnés, dont son codirecteur de thèse Alain Viari.

Dix ans plus tard, son attrait pour la biologie a porté ses fruits. Marie-France Sagot se rapproche alors de l'équipe de bio-informatique HELIX, bilocalisée à Grenoble et Lyon, dirigée par François Rechenmann. « C’était l'un des endroits les plus actifs et en pointe pour la bio-informatique. Et j’avais la chance d’être dans un milieu de mathématiciens tout en restant proche des biologistes puisque l’équipe était implantée au laboratoire de biométrie et de biologie évolutive. » Depuis, elle a développé de nombreuses collaborations en Europe et dans le monde, notamment en Amérique du Sud. Elle partage son temps entre la recherche, l’enseignement et les nombreux comités éditoriaux de journaux, comités scientifiques, d’évaluation ou de pilotage de conférences.

L’ERC est une candidature personnelle...l'accent est mis sur la partie scientifique du projet.

C’est au cours de ses nombreux échanges avec les biologistes que Marie-France Sagot s’intéresse peu à peu à la symbiose, un sujet relativement ignoré de ses collègues informaticiens et mathématiciens. Cette relation étroite et durable entre deux organismes est pourtant très répandue comme l’attestent les exemples du lichen (symbiose entre un champignon et une algue verte) ou de l’intestin humain (qui contient plus de deux cents espèces de bactéries favorisant la digestion, jouant sur la régulation du système immunitaire et protégeant des organismes pathogènes).

Je cherche à comprendre les relations des organismes en symbiose – ce que l’un a cédé à l’autre - et comment ces relations ont coévolué. Pour cela, j’étudie les réseaux génétiques et métaboliques des deux organismes et je compare les génomes de nombreux organismes présentant de grandes variétés de relations symbiotiques.

Fondamental, direz-vous ? Certes, mais qui sait si la santé de demain ne dépendra pas de la connaissance des organismes qui partagent notre intimité ? Et même, si l’étude poussée de la symbiose ne conduira pas à revisiter notre idée de ce qu’est une espèce ou un individu ?

« L’ERC est une candidature personnelle. J’ai pris beaucoup de plaisir à préparer le projet SISYPHE car l'aide efficace apportée par le personnel administratif permet au chercheur de se concentrer sur la partie scientifique. Je reste à Lyon car c’est le meilleur endroit en France pour la recherche bio-informatique sur la symbiose. Les fonds de l’ERC me permettront de recruter des doctorants et des postdoctorants en mathématiques et informatique ainsi qu'en biologie. Je vais pouvoir également faire venir des visiteurs et être en contact régulier avec les équipes de biologistes de réputation mondiale, notamment en Amérique du Sud et en Europe. »