ABS

La bioinformatique structurale est le domaine scientifique développant des méthodes algorithmiques pour comprendre et prédire la structure et la fonction des biomolécules.

Une question centrale dans ce contexte, qui fait l'objet de travaux à la fois expérimentaux et relevant de la modélisation, est l'étude des mouvements moléculaires et de la dynamique des protéines.

La dynamique joue en effet un rôle clef pour prédire les structures accessibles a une séquence, pour comprendre les fonctions d'une protéine dont la structure statique est connue, et enfin pour élucider la structure de machines moléculaires constituées de dizaines voire centaines de sous-unités. Hélas, les mouvements moléculaires balayant respectivement environ 15 and environ 4 ordres de grandeurs dans le temps et l'espace, ces questions sont particulièrement ardues.

En combinant des concepts et idées venant de la géométrie algorithmique, de l'optimisation, de l'apprentissage machine, des algorithmes probabilistes et probabilités numériques, l'objectif central d'ABS est de contribuer à l'émergence d'une nouvelle génération d'algorithmes capables de générer des prédictions fiables de la dynamique des protéines.

Des implementations éprouvées et optimisées des algorithmes seront intégrées à notre librairie, la Structural Bioinformatics Library, qui est le seul environnement logiciel dans ce domaine offrant la modularité requise pour réaliser une intégration efficace d'algorithmes complémentaires issus des domaines sus-cités.

En collaboration avec des collègues biologistes et bio-physiciens, ces implémentations seront utilisées pour étudier des systèmes d'importance critique en biologie et médecine.