Logiciel

Atelier sur les environnements logiciels reproductibles pour la recherche et le HPC

Date:

8–10 novembre 2023
Lieu :
Institut Agro Montpellier
,

2 place Pierre Viala , 34060 Montpellier

Mis à jour le 16/01/2024

Dans l'esprit de la session de recherche de l'événement "Dix ans de Guix" et de l'atelier francophone précédent sur les environnements logiciels reproductibles, cet événement rassemblera des scientifiques et des praticiennes et praticiens du calcul haute performance (HPC) - administrateurs/trices système, ingénieur(e)s et chercheurs et chercheuses - pour partager leur expérience de la construction d'expériences de calcul robuste avec Guix et les outils associés.

Titre

Programme

Jour

Nom du jour

Mercredi 08/11 - Reproductibilité des logiciels

horaire

horaire

13h30

Description

Prendre soin de son environnement 

Konrad Hinsen (Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS; Synchrotron SOLEIL; France)

horaire

14h15

Description

Bonnes pratiques pour la reproductibilité 

Miguel Colom-Barco (Centre Borelli, ENS Paris-Saclay, France)

horaire

15h00

Description

Environnements de calcul reproductibles avec Binder

Sarah Gibson (2i2c, Royaume-Uni)

horaire

16h15

Description

Qu'est-ce que le Guix ?

Josselin Poiret (équipe Gallinette ; Université de Nantes, Inria, France)

horaire

17h00

Description

Tout le monde peut apprendre à Guix

Nicolas Vallet (CHU de Tours, Service d'hématologie et de thérapie cellulaire, Inserm U1069, groupe LNOx, France)

Nom du jour

Jeudi 09/11 - Tutoriels d'introduction et rapports d'expérience

horaire

horaire

09h00

Description

Software Heritage : archiver son code source pour un référencement cohérent et durable

Benoît Chauvet (Software Heritage, France)

horaire

10h15

Description

Comment démarrer avec Gitlab, un outil essentiel pour la reproductibilité de la recherche ?

Alizia Tarayoun (Université Grenoble-Alpes, France)

Gitlab avancé - Comment mettre en place l'intégration continue dans vos projets Gitlab ? Un pas de plus vers la reproductibilité des logiciels

Franck Pérignon (Laboratoire Jean Kuntzmann, CNRS, France)

horaire

11h30

Description

Jupyter Notebook reproductible et BinderHub

Pierre-Antoine Bouttier (GRICAD, France)

Comment utiliser le mode Org et Guix pour construire une étude expérimentale reproductible ?

Marek Felšöci (Inria, France)

horaire

14h00

Description

Une décennie de Guix - une rétrospective subjective

Ricardo Wurmus (Centre Max Delbrück, Allemagne)

horaire

14h45

Description

Pourquoi nous déployons et développons en utilisant Guix et pourquoi vous devriez le faire aussi ? Un rapport d'expérience de GeneNetwork

Arun Isaac (Département de génétique, évolution et environnement, University College London, Royaume-Uni)

horaire

15h30

Description

PsychNotebook est conçu comme...

Lars-Dominik Braun

horaire

16h30

Description

Gestion reproductible des machines virtuelles avec Guix

Yann Dupont (GLiCID, France)

horaire

17h15

Description

Concilier le calcul haute performance et l'utilisation de bibliothèques tierces

Emmanuel Agullo (Inria, France)

Nom du jour

Vendredi 10/11 - Encore des tutoriels !

horaire

horaire

09h00

Description

Comment commencer à utiliser Guix ?

Ludovic Courtès (Inria, France)

How to make advanced packages

Simon Tournier (Université Paris-Cité, Institut de Recherche Saint Louis, Inserm US53, CNRS, France)

horaire

10h45

Description

Comment commencer à écrire des paquets Guix ?

Andreas Enge (Inria, France)

Comment installer et gérer Guix sur un cluster ?

Bruno Bzeznik (GRICAD, France)

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