Né le 13 mars 1959, Manuel Hermenegildo est titulaire de deux masters en génie électrique de l'université polytechnique de Madrid (1981) et en informatique de l'université du Texas d'Austin (1984) où il a obtenu en 1986 un doctorat en sciences informatiques. Après avoir commencé une carrière d'enseignant outre-Atlantique, il retourne au début des années quatre-vingt-dix à l'université polytechnique de Madrid comme maître de conférences puis professeur. Entre autres responsabilités, il a présidé l'agence espagnole de financement de la recherche scientifique (200-2002). Manuel Hermenegildo a également fondé l'institut du logiciel IMDEA qu'il dirige depuis 2007.
Ses principales spécialités sont la conception et la mise en œuvre de langages de programmation, ainsi que la sécurité des programmes. Il a publié plus de deux cents articles scientifiques et monographies. Il a reçu le prix national espagnol Julio Rey Pastor en Mathématiques et sciences et technologies de l'information et le prix national Aritmel en Informatique, et est l'un des chercheurs espagnols les plus cités et reconnus dans le monde académique. Il est également membre élu de l'Academia Europaea.
Le conseil scientifique donne son avis sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut, politique qui conduit le travail des équipes de recherche. Il rend un avis sur le développement des centres de recherche, veille à la cohérence entre l'évolution de l'activité et les programmes scientifiques d’Inria et se prononce sur la nomination des directeurs des centres de recherche et sur leur renouvellement dans la fonction, en accord avec le conseil d’administration.