OneAngstrom démocratise la modélisation moléculaire

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Mis à jour le 06/12/2023
Manipuler, à l’échelle nanométrique, des protéines, des brins d’ADN et des nanotubes de carbone pour créer des médicaments, des matériaux ou des nanosystèmes ? C’est possible avec la plate-forme SAMSON de OneAngstrom, une jeune startup qui s’appuie sur dix ans de travaux Inria. Elle compte déjà plus de 2 000 utilisateurs dans des centres de recherche et des entreprises du monde entier.
Logiciel Samson
© Inria / Photo C. Morel

La modélisation moléculaire est un métier en plein essor (+15 % par an). Elle séduit des investisseurs renommés, par exemple Bill Gates. Mais elle bute sur un obstacle : le manque d’outils de simulation adaptés. Ceux qui les développent sont des experts en mécanique quantique, en calcul haute performance ou en visualisation scientifique. Leurs utilisateurs sont des entreprises des secteurs de la pharmacie, des biotechs, des semiconducteurs, des nanotechnologies, etc. Celles-ci cherchent à concevoir de nouveaux produits, mais ont du mal à trouver leur compte via ces outils difficiles à installer et à utiliser, dont chacun ne traite qu’une partie du problème.

Des outils de modélisation moléculaire simples et ergonomiques

« OneAngstrom a pour objectif de rapprocher ces deux mondes, explique Stéphane Redon, cofondateur et président. Sur notre plate-forme SAMSON, tous les outils de modélisation sont développés avec le même kit et peuvent être associés. Ils sont faciles à utiliser. Ils affichent des images 3D et non des lignes de code. Plus besoin d’être un expert pour découper une molécule, l’étirer jusqu’à la rupture ou lui greffer des anticorps : vous téléchargez les modules nécessaires et vous lancez votre simulation. »

L’innovation va même plus loin : SAMSON simule vite, très vite. Dans les cas les plus favorables, il divise par dix des temps de calcul qui, jusqu’ici, pouvaient se chiffrer en semaines. Autrement dit, il rend possibles des simulations que l’on renonçait à réaliser.

Une seule plate-forme pour les utilisateurs et les développeurs

Plus de 2000 utilisateurs se sont déjà inscrits sur la plate-forme. Des centres de recherche (MIT, Stanford…), des universités, des éditeurs de logiciels spécialisés, des entreprises, des groupes de taille mondiale… « Pour l’instant, notre objectif est de valider ce modèle économique en plate-forme. Il est connu et apprécié dans d’autres secteurs (partage d’appartements, de moyens de transports, etc.), mais nouveau dans le domaine de la modélisation moléculaire. »

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OneAngstrom met ainsi en relation deux groupes. D’abord, les utilisateurs qui peuvent souscrire des abonnements aux outils dont ils ont besoin. Ensuite, des développeurs en modélisation moléculaire désireux de créer de nouveaux outils et services sous SAMSON, puis de les proposer sur la plate-forme. « Notre modèle ressemble à celui d’Android ou d’ iOS : il faut alimenter un cercle vertueux d’utilisateurs satisfaits et de développeurs en quête de clients. OneAngstrom pourra ainsi dégager les revenus nécessaires pour continuer à améliorer sa technologie. »

Dix ans de recherches à Inria Grenoble Rhône-Alpes

SAMSON est issu de dix ans de recherches de l’équipe Nano-D, à Inria Grenoble Rhône-Alpes, dont Stéphane Redon était le responsable. Un parcours marqué par une bourse ERC Starting Grant en 2012 – l’effectif a dépassé alors les 20 personnes - et une bourse ERC Proof of Concept en 2016.

Les travaux se sont rapidement orientés vers ce principe de plate-forme ouverte et d’outils téléchargeables. Autre choix fondateur, pour accélérer les simulations, des algorithmes dits "adaptatifs". Toute modification d’une molécule suppose en effet de recalculer les forces et les énergies entre atomes. Avec ces algorithmes, ces calculs ne sont menés que sur les régions concernées par les manipulations de la molécule. C’est la clé du gain de temps spectaculaire de SAMSON.

« Un institut tourné vers la création de startups »

Au-delà des aspects scientifiques, Stéphane Redon a été accompagné par Inria pour concrétiser son projet d’entreprise.

Je voulais que nos avancées aient un impact, qu’elles fassent tomber les barrières entre experts et entre disciplines. J’ai eu la chance d’appartenir à un institut de recherche tourné vers la création de startups technologiques. 

En pratique, Inria Grenoble Rhône-Alpes a contribué à l’orientation des travaux de l’équipe Nano-D. Il a apporté un précieux soutien administratif pour les dossiers de candidatures ERC de 2012 et 2016. Le centre a aussi financé l’emploi d’un ingénieur en 2014 et 2015 pour concevoir la première version du site SAMSON Connect. Il a établi le contrat de transfert des brevets et dépôts logiciels. En outre, il a ouvert à Stéphane Redon, scientifique sans expérience entrepreneuriale, un cursus de formation à l’EM Lyon sur la stratégie, le marketing et la comptabilité.

Objectif : 1 % de part de marché dans cinq ans

« Inria est un environnement porteur et stimulant, avant et après la création, constate l’intéressé. Aujourd’hui encore, je suis invité régulièrement à des événements où je tisse de nouveaux liens d’affaires. »

OneAngstrom peut tabler aussi sur le dynamisme de son marché. La modélisation moléculaire, métier de l’infiniment petit, devrait représenter en 2024 un chiffre d’affaires mondial d’un milliard de dollars. Des entreprises du secteur changent de main pour des sommes astronomiques : Accelrys, une société américaine, a été acquise par Dassault Systèmes pour 800 millions de dollars ! Stéphane Redon se fixe des objectifs plus modestes. Avec 1 % de part de marché d’ici cinq ans, il aurait déjà réussi le lancement de sa startup.

Bio expresse de Stéphane Redon

  • 1989 - Découverte émerveillée de l’infiniment petit : IBM présente au monde entier 35 atomes de Xénon disposés individuellement sur une plaque métallique pour écrire les trois lettres I-B-M ;

  • 1998 - Diplôme d’ingénieur de l’École polytechnique, suivi d’un DEA en informatique, d’un doctorat en robotique et d’un postdoc aux États-Unis ;

  • 2005 - Rejoint Inria en tant que chercheur, puis crée l’équipe Nano-D trois ans plus tard ;

  • 2018 - Crée OneAngstrom avec trois associés, anciens membres de l’équipe Nano-D : Jocelyn Gaté, directeur technique, ainsi que Dmitriy Marin et Yassine Naimi, ingénieurs de recherche.